Длина озера составляет около 96 км, ширина — до 50 км, средняя глубина — 7,5 метра, наибольшая — 16,6 метра. В озеро впадают свыше 30 рек и ручьев, имеющих снеговое, дождевое и ключевое питание. Вытекает только одна приграничная река Нарва, впадающая в Нарвскую губу Финского залива Балтийского моря. Солёность воды — 0 промилле. Озеро богато планктоном, а потому и рыбой. В нём водятся следующие виды промысловых рыб: лещ, ряпушка, окунь, сиг, судак, щука, налим, плотва, снеток. Всего насчитывается 37 видов рыб и 9 видов земноводных. До недавних времен, снеток считался полностью выловленным видом в Чудском озере, но на данный момент ситуация постепенно улучшается и снеток снова становится объектом ограниченного промысла.